FFU控制方式主要分为以下几种:
(1)多档开关控制系统：此系统只包括FFU自带的一个调速开关和一个电源开关。由于控制元件为FFU自带，分布在洁净室吊顶内的各个位置，工作人员应该在现场通过拨挡开关来调节FFU，控制起来极不方便，而且FFU的风速可调范围有限，于几档。采用多档开关控制方式优点是控制简单、成本低。但存在许多缺陷：比如：能耗大、不能平滑调速、没有反馈信号、不能实现灵活的组群控制等。
(2)连续速度调节控制：此系统连续速度调节控制与多档开关控制方式相比，多了一个连续速度调节器，使FFU风机转速连续可调，但同时也牺牲了电机效率，使其能耗比多档开关控制方式还要高。
(3)计算机控制：此系统与前面两种方式相比，计算机控制方式**的功能：不但可以采用集散型控制方式,能够很方便的实现FFU的集中监测和控制，而且还可以方便的实现FFU的单台、多台及分区控制。另外可以设置控制系统预留通信接口，可与上位机或网络进行通讯，从而实现远程通信和管理功能。
(4)遥控控制：此系统遥控控制方式作为计算机控制方式的一种补充，可使用遥控器对每台FFU进行控制,与计算机控制方式相辅相成。这几种控制方式在选择时要根据实际情况进行选用。
{5}FFU的维护管理采用FFU送风方式时，往往不是单台设备而是数十台、数百台FFU布置在吊顶上，因此给维护管理带来一定的难度。一般高效过滤器从洁净室内进行更换，而风机多数需要在龙骨架顶端(静压箱内部)维护，但如果静压箱没有足够的高度无法从内部维护风机时，那么就要考虑从洁净室内部进行维护风机的可行性了。，在应用FFU时要根据实际情况进行考虑，达到既保留其特点又降低成本的目的。
